Rauhut指出短颈潘龙与其他蜥脚下目的不同处在于，个别颈椎的前后长度相当，或短于后段颈椎； 前后位距离相约或较短，在后部的则较高；其他的衍征包括在颈椎有明显、柱状的中后椎骨关节突薄片，中颈部神经棘明显的向前倾斜，而棘尖超过脊骨主体的前部末端，第1至6前背部神经棘有垂直的底座及往前收缩的前端。 根据27个蜥脚下目及154个解剖学特征的亲缘分支分类法，Oliver Rauhut将短颈潘龙分类在叉龙科之中，而且是与晚侏罗纪非洲的叉龙是姊妹分类，而非下白垩纪南美洲的阿马加龙。这明显是一种迅速的演化扩散，显示叉龙科在中侏罗纪时期因南半球及北半球大洲的分裂而散布。 |
